III. Murat zamanında cami “ Sultan Muradi Salis Cami “ diye anılmaya başlamış, IV. Murat, Erivan Seferine giderken Çorum – Boğacık Köyünde konaklamış, cami bu dönemde tekrar tamir ettirilerek etrafına medreseler ve akarat yaptırıldı.
Cami bu zamanda Sultan Muradi Rabi Camii olarak adlandırılarak Evkaf Dairesi kayıt ve sicillerine bu adla geçmiştir. 1790 yılındaki depremde tekrar harap olan cami, Çapanoğlu oğlu Abdülfettah Bey tarafından 1810 yılında ahşap, tek kubbeli olarak tamir edilmiş, bugünkü görünümünü almıştır.
Caminin son cemaat yeri ve üst katı II. Meşrutiyetin ilanından sonra yapılmış, doğu tarafa minare ilave edilmiştir. Ulu Caminin abanoz ağacından yapılan minberi, kitabelerine göre 1306 tarihinde Davutoğlu Ahmed’in emri ile Ankara’lı sanatçılar Abdullah oğlu Davut ve Ebubekir oğlu Muhammed tarafından yapılmıştır. Bazı onarımlar görmüş olan minber orijinalliğini büyük ölçüde korumuştur. 7 asırdır ayakta kalmayı başaran Muradi Rabi Ulu Camii, bugünkü halini geçirdiği büyük onarımlar sonucu almıştır.